Ventura de los Reyes y Prósper nació en Castuera, Badajoz, en 1863, hijo de un facultativo de minas. Estudió en Murcia y Madrid donde finalizó la licenciatura en ciencias y se doctoró en 1883 con una tesis sobre la clasificación de las aves en la Península Ibérica. Hacia 1885 viajó a Alemania. Conoció en esos años la obra lógica de Ernest Schroeder. En 1891 ganó una cátedra de Instituto en Teruel y comenzó a colaborar en El Progreso Matemático, donde sería colaborador asiduo. En 1898 se traslada al Instituto de Toledo donde simultanea sus trabajos de matemática con otros de paleontología y arqueología.

A lo largo de su vida mantuvo una abundante correspondencia con algunos de los matemáticos y científicos más relevantes de su tiempo, que lamentablemente no se conserva. Entre estos estaban Charles S. Peirce y Christine Ladd-Franklin. Su biblioteca se conserva en la actualidad en la sección de matemáticas del CSIC, donde se encuentran las separatas y libros que le envió Peirce.