Rafael Jordana es actualmente Catedrático Emérito en la Universidad de Navarra, Profesor Honorario de la Universidad Ricardo Palma , Lima, Perú y Miembro Ordinario del Instituto de Investigaciones Económicas y Sociales "Francisco de Vitoria" desde Junio 2014. Obtuvo la Jubilación forzosa el 30 de Octubre de 2011. Fue Catedrático por oposición de las cátedras de "Fisiología Animal" y de "Zoología Aplicada" de la Facultad de Ciencias de la Universidad de La Laguna en Enero de 1971.
Ha sido Profesor en la Universidad de Barcelona (1965-1967), Profesor en la Universidad de Navarra (1967-1971), Catedrático de la Universidad de La Laguna desde 1971, Profesor Ordinario de Zoología y Fisiología Animal Comparada en la Universidad de Navarra desde Octubre de 1972 hasta su jubilación. Fue Creador y Director del Museo de Zoología de la Universidad de Navarra desde 1980 hasta su jubilación. En el año 2000 ya tenía reconocidos el máximo legal de tramos de investigación (seis sexenios).
Ha sido Director de Estudios Facultad de Ciencias de la Universidad de Navarra(1969-1971), Secretario de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Navarra (1973-1975), Vicedecano de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Navarra (1975-1981),Decano de la Facultad de Ciencias de esta Universidad desde 1981 a 1990; Director del Departamento de Zoología desde 1972 a 1993, y Director del Departamento de Zoología y Ecología entre 1993 y 1999.
Miembro del Consejo de Patronos para los Centros de Estudios Civiles Universidad de Navarra (1977-1984), Vocal y miembro fundador Fundación Empresa- Universidad de Navarra (1987-2011), Director del Instituto de Biología Aplicada del Instituto Científico y Tecnológico (1991-2011). Dirigió la Colección de Biología de la Editorial E.U.N.S.A. desde 1973-2000, y ha pertenecido a diversas sociedades científicas españolas y europeas: SECF, SEB, RSEHN, SEE, ESCPB, CIM. Es miembro del panel de expertos de la Red Europea de Investigación en Ecosistemas Forestales, y ha publicado más de 200 trabajos de investigación.
Desde su Jubilación se dedica a la investigación en un pequeño campo de la Zoología: los Collembola. Sigue dando conferencias y seminarios sobre un tema que siempre le interesó la Evolución Biológica y la Evolución del Hombre.