El 2 de octubre de 1928, durante unos ejercicios espirituales en Madrid, ve qué es lo que Dios le pide, y funda el Opus Dei. Desde entonces comienza a trabajar en la fundación, a la vez que sigue ejerciendo el ministerio sacerdotal, especialmente entre pobres y enfermos. Además, estudia en la Universidad de Madrid y da clases para mantener a su familia.

En 1946 fija su residencia en Roma. Obtiene el doctorado en Teología por la Universidad Lateranense. Es nombrado consultor de dos Congregaciones vaticanas, miembro honorario de la Pontificia Academia de Teología y prelado de honor de Su Santidad. Desde Roma va en numerosas ocasiones a distintos países de Europa -y en 1970 a México-, para impulsar el establecimiento y la consolidación del Opus Dei en esos lugares. Con el mismo objeto, en 1974 y en 1975 hace dos largos viajes por América Central y del Sur, donde además tiene reuniones de catequesis con grupos numerosos de personas. San Josemaría falleció en Roma el 26 de junio de 1975. Fue beatificado el 17 de mayo de 1992, y canonizado, el 6 de octubre de 2002.

La Universidad de Navarra cuenta con el Centro de Documentación y Estudios Josemaría Escrivá de Balaguer, sección en España del Instituto Histórico Josemaría Escrivá, con sede en Roma. Es un centro de carácter interdisciplinar destinado a promover la investigación sobre la figura del fundador del Opus Dei.