Anualmente, se asigna a cada servicio o departamento un Presupuesto Anual. Este Presupuesto es aprobado por Rectorado tras estudiar las solicitudes y necesidades de cada unidad, generalmente indicando un incremento máximo anual.
Hay cuatro presupuestos diferentes:
- Presupuesto de Gastos e Ingresos, en el que se incluyen los ingresos esperados en el Curso Académico y los gastos en los que se puede incurrir para alcanzar los objetivos globales de la Universidad. Estos gastos se clasifican en Compras, Servicios Exteriores y Ayudas Económicas. Son los ordinarios y propios de la actividad académica; por tanto, no se incluyen los gastos de personal y las inversiones en obras e instalaciones y en equipamiento, que son tratados independientemente. El responsable de este Presupuesto es Rafael Navarrete.
- Presupuesto de Personal, que refleja los gastos de personal para todo el Curso Académico. Los incrementos o disminuciones del mismo se aprueban antes del comienzo de curso. El responsable de este Presupuesto es Jesús Miguel Turrillas.
- Presupuestos de Obras e Instalaciones, que también se aprueba antes del comienzo del curso, recoge las necesidades de la Universidad en materia de reformas, teniendo en cuenta las mejoras e incrementos necesarios y la actualización de instalaciones y equipamientos. El responsable de este Presupuesto es Rafael Callejo.
- Presupuesto de Informática, en el que se incluyen las necesidades informáticas de los Centro y Servicios de la Universidad. EL responsable es Ignacio Coupeau.
Estos dos últimos presupuestos no los asumen los centros o departamentos, sino que se cargan en Unidades Económicas específicas.