La publicación tuvo su inicio en 1983. Hasta el momento han aparecido 20 volúmenes. En ellos han sido publicados más de 130 extractos de Tesis doctorales defendidas en la Facultad de Derecho Canónico de la Universidad de Navarra, con un total de unas 7.500 páginas. La cabecera de Cuadernos Doctorales se adoptó a partir del vol. 10, 1992 (los nueve primeros volúmenes bajo el título Excerpta e Dissertationibus in Iure Canonico).