No modifica el régimen tributario propio de las entidades sin fines lucrativos.

Como se hace notar expresamente en la disposición final primera,

"las entidades que reúnan las características y cumplan los requisitos previstos en el Título II de la Ley 49/2002, de 23 de diciembre, de Régimen Fiscal de las Entidades sin Fines Lucrativos y de los Incentivos Fiscales al Mecenazgo, (es decir, las entidades sin fines lucrativos enumeradas en el artículo 2 que reúnan los requisitos señalados en el artículo 3) tendrán el régimen tributario que en ella se establece".

Téngase en cuenta que la citada Ley 49/2002 es de aplicación a la Iglesia Católica y a las iglesias, confesiones y comunidades religiosas que tengan suscritos acuerdos de cooperación con el Estado español, sin perjuicio de lo establecido en los mencionados acuerdos.

En resumen, la aplicación del nuevo Impuesto de Sociedades a las entidades religiosas se realiza conforme a los dispuesto en los artículos 5 a 14 de la Ley 49/2002, de 23 de diciembre, de Régimen Fiscal de las Entidades sin Fines Lucrativos y de los Incentivos Fiscales al Mecenazgo y el correspondiente Reglamento, aprobado mediante Real Decreto 1270/2003, de 10 de octubre.