La metodología es la estipulada por el Plan de la Calidad de las Universidades (Consejo de Coordinación Universitaria), que coincide con la recomendada por la Unión Europea (Recomendación del Consejo de 24 de septiembre de 1998, 98/561/CE).
El proceso consta de dos etapas:
Cada fase del Proceso de Evaluación se concreta en la elaboración de un informe. El desarrollo del Plan de Calidad de las Universidades prevee cinco informes distintos en cada convocatoria: