La Colección Historia de la Iglesia, confiada al Instituto de Historia de la Iglesia, recoge monografías sobre esta materia; comenzó a editarse en 1971. Los volúmenes publicados hasta el momento son:
40. Domingo RAMOS-LISSÓN, Compendio de Historia de la Iglesia Antigua, 484 pp. EUNSA, 2009.
39. Santiago CASAS (ed.) El modernismo a la vuelta de un siglo, 328 pp. 2008.
38. Elisa LUQUE, Iglesia en América Latina (siglos XVI-XVIII). Continuidad y renovación, 408 pp. EUNSA, 2008.
37. Elisabeth REINHARDT, Por las rutas medievales del saber, 348 pp. EUNSA, 2007.
36. Elisabeth REINHARDT, La dignidad del hombre en cuanto a imagen de Dios. Tomás de Aquino ante sus fuentes, 244 pp. EUNSA, 2005.
35. Josep Ignasi SARANYANA, Filosofía y teología en el Mediterráneo occidental (1263-1490), 214 pp. EUNSA, 2003.
34. Elisabeth REINHARDT (ed.), Historiadores que hablan de la historia. Veintidós trayectorias intelectuales, 626 pp. EUNSA, 2002.
33. Elisabeth REINHARDT (dir.), Tempus implendi promissa. Homenaje al Prof. Domingo Ramos-Lissón, 883 pp. EUNSA, 2000.
32. Federico M. REQUENA, Espiritualidad en la España de los años veinte. Juan G. Arintero y la revista "La Vida Sobrenatural" (1921-1928), 304 pp. EUNSA, 1999.
31. Francisco MARTÍ GILABERT, Amadeo de Saboya y la política religiosa, 162 pp. EUNSA, 1999.
30. Josep-Ignasi SARANYANA (ed.), Cien años de pontificado romano. De León XIII a Juan Pablo II, 264 pp. EUNSA, 1999.
29. Francisco MARTÍ GILABERT, Política religiosa de la II República española, 281 pp. EUNSA, 1997.
28. José ORLANDIS, Estudios de Historia eclesiástica visigótica, 245 pp. EUNSA, 1997.
27. Francisco MARTÍ GILABERT, Iglesia y Estado en el reinado de Isabel II, 284 pp. Servicio de Publicaciones de la Universidad de Navarra - Ediciones Eunate, 1996.
26. Domingo RAMOS-LISSÓN - Marcelo MERINO - Albert VICIANO, (Eds.), El Diálogo Fe-Cultura en la Antigüedad cristiana, 313 pp. Servicio de Publicaciones de la Universidad de Navarra - Ediciones Eunate, 1995.
25. Elisa LUQUE, La Cofradía de Aránzazu en México (1681-1799), 416 pp. Ediciones Eunate, 1995.
24. Juan Antonio LLORENTE, Los procesos de la Inquisición. Discursos sobre el orden de procesar en los tribunales de Inquisición. Edición crítica y estudio preliminar por Enrique DE LA LAMA, 262 pp. Ediciones Eunate, 1995.
23. Francisco MARTÍ GILABERT, Iglesia y Estado en el reinado de Fernando VII, 208 pp. EUNSA, 1994.
22. Antón M. PAZOS (dir.) Un siglo de catolicismo social en Europa (1891-1991), 288 pp. . EUNSA, 1993.
21. José Antonio MARCELLÁN, El clero navarro en la guerra de la Independencia, 220 pp. EUNSA, 1992.
20. José Luis SÁENZ RUIZ-OLALDE, O.A.R, San Millán de la Cogolla. Historia económica y administrativa y social en la época moderna, 548 pp. EUNSA, 1991.
19. Enrique DE LA LAMA, J. A. Llorente, un ideal de burguesía. Su vida y su obra hasta el exilio en Francia (1756-1813), 340 pp. EUNSA, 1991.
18. Primitivo TINEO, Los Concilios Limenses en la evangelización latinoamericana. Labor organizativa y pastoral del tercer Concilio Limense, 568 pp. EUNSA, 1990.
17. Antón M. PAZOS, El clero navarro (1900-1936). Origen social, procedencia geográfica y formación sacerdotal, 508 pp. EUNSA, 1990.
16. Ismael SÁNCHEZ BELLA, Iglesia y Estado en la América Española, 336 pp. EUNSA, 1990 (2.ª edic. 1991).
15. Vicente CÁRCEL, León XIII y los católicos españoles. Informes vaticanos sobre la Iglesia en España, 958 pp. EUNSA, 1988.
14. Josep-Ignasi SARANYANA y Eloy TEJERO (dirs.) Hispania Christiana. Estudios en honor del Prof. Dr. José Orlandis Rovira en su septuagésimo aniversario. , 780 pp. EUNSA, 1988.
13. José ORLANDIS - Domingo RAMOS-LISSÓN, Historia de los Concilios de la España romana y visigoda, 532 pp. EUNSA, 1986.
12. Vicente CÁRCEL, Iglesia y revolución en España (1868-1874). Estudio histórico-jurídico desde la documentación Vaticana inédita, 684 pp. EUNSA, 1979.
11. Gonzalo REDONDO, La Iglesia en el mundo contemporáneo. 2 tomos. EUNSA, 1979.
I. De Pío VI a Pío IX (1775-1878), 292 pp.
II. De León XIII a Pío XI (1878-1939), 334 pp.
10. José GOÑI GAZTAMBIDE, Historia de los obispos de Pamplona. 11 tomos. EUNSA, 1979.
I. Siglos IV-XIII, 812 pp.
II. Siglos XIV-XV, 716 pp.
III. Siglo XVI, 640 pp.
IV. Siglo XVI, 708 pp.
V. Siglo XVII, 524 pp.
VI. Siglo XVII, 504 pp.
VII. Siglo XVIII, 656 pp.
VIII. Siglo XVIII, 468 pp.
IX. Siglo XIX, 748 pp.
X. Siglo XIX, 604 pp.
XI. Siglo XX, 900 pp.
9. José Antonio ÍÑIGUEZ, El altar cristiano. 3 tomos. EUNSA, 1978.
I. De los orígenes a Carlomagno (s. II-año 800), 372 pp. (agotado).
II. De Carlomagno al s. XIII, 556 pp.
8. José ORLANDIS, La Iglesia en la España visigótica y medieval, 402 pp. EUNSA, 1976 (agotado).
7. Fernando DE MEER, La cuestión religiosa en las Cortes Constituyentes de la II República Española, 214 pp. EUNSA, 1975.
6. Javier IBÁÑEZ - Fernando MENDOZA, María en la Liturgia hispana, 424 pp. EUNSA, 1975.
5. Francisco MARTÍ GILABERT, La abolición de la Inquisición en España, 360 pp. EUNSA, 1975.
4. Vicente CÁRCEL, Política eclesial de los Gobiernos liberales españoles (1830-1840), 532 pp. EUNSA, 1975 (agotado).
3. José María MUTILOA, La desamortización eclesiástica en Navarra, 714 pp. EUNSA, 1972.
2. José ORLANDIS, Estudios sobre instituciones monásticas medievales, 384 pp. EUNSA, 1971 (agotado).
1. Francisco MARTÍ GILABERT, La Iglesia en España durante la Revolución Francesa, 524 pp. EUNSA, 1971.
