La Facultad de Medicina inició su actividad en 1954. La Universidad de Navarra, fundada en 1952 por San Josemaría Escrivá de Balaguer, es una obra corporativa del Opus Dei, Prelatura personal de la Iglesia Católica.
Desde su inicio, la Facultad de Medicina se ha caracterizado por incorporar avances significativos en la Educación Médica, dando especial relevancia a la enseñanza práctica.
Ha sido la primera Facultad española en crear Departamentos Interfacultativos que imparten docencia en las Facultades de Ciencias, Farmacia y Medicina.
Ha sido pionera en integrar los programas médico-quirúrgicos.
Ha incorporado la enseñanza de la bioética en la estructura del plan de estudios.
Ha desarrollado técnicas multimedia aplicadas a la docencia medica.
Ha implantado la docencia integrada de la práctica clínica.
Ha sido la primera Facultad de Medicina en España en adaptarse al Espacio Europeo de Educación Superior.