Una tarea imprescindible de la Facultad Eclesiástica de Filosofía es la investigación. Ésta se canaliza, por un lado, a través de las tesis doctorales que se realizan; y por otro, mediante la investigación en áreas específicas, contando siempre con el enfoque interdisciplinar que permite la riqueza de estudios impartidos por la Universidad de Navarra.
Las Reuniones Científicas organizadas por distintos centros de la Universidad contribuyen también al enriquecimiento de dicho enfoque.