Los estudios de doctorado se estructuran por un Programa que comprende cursos y seminarios.

Los alumnos deben conseguir un total de 32 créditos para obtener el título de doctor hay que presentar y aprobar, además, una tesis doctoral, consistente en un trabajo original de investigación sobre una materia relacionada con el campo científico del programa de Doctorado.

El Director del Programa de Doctorado en Derecho Canónico y Derecho Eclesiástico del Estado es el Prof. Dr. Juan Fornés.