La Guerra Civile e l'epoca di Burgos

Nel 1935 anche se i membri dell'Opus Dei erano ancora pochi (superavano appena la dozzina), San Josemaría pensa all'espansione da Madrid verso altre città. L'inizio della Guerra Civile spagnola rese impossibile la realizzazione di tali piani. Durante tutto il periodo della contesa, esercitò il suo ministero sacerdotale dapprima a Madrid - con grave rischio della vita -, e più tardi a Burgos, dopo aver attraversato a piedi e con minacciosi pericoli i Pirenei catalani. Nella città castigliana si prodigò strenuamente per riallacciare i contatti con coloro che facevano parte dell'Opus Dei e per altre attività sacerdotali.

Utilizzando il tempo di cui disponeva in quel momento, decise di riprendere il progetto di tesi dottorale in Diritto, accantonando il tema previsto precedentemente - la documentazione si trovava a Madrid ed era andata perduta quasi del tutto - e scegliendo una interessante realtà ecclesiale proprio di Burgos: la giurisdizione quasi episcopale della abadessa del monastero di Las Huelgas. Nel 1939 presentò e discusse la tesi dottorale. Cinque anni dopo, completando e ampliando la ricerca, pubblicò un'estesa monografia La abadesa de Las Huelgas, la sua terza opera pubblicata.