El Gran Canciller es la autoridad máxima de la Universidad, y ejerce todas las facultades y funciones necesarias para su buen gobierno.
El Vicecanciller preside la Corporación Universitaria en ausencia del Gran Canciller y ejerce las funciones que éste pueda delegarle.
La Junta de Gobierno de la Universidad está integrada por el Rector Magnífico, que la preside, los Vicerrectores, los Decanos o Directores de los Centros, el Administrador General, el Gerente, dos representantes de los estudiantes de la Universidad y el Secretario General, que es el Secretario de la Junta.
La Comisión Permanente de la Junta de Gobierno, también denominada Rectorado
es el órgano de gobierno ordinario de la Universidad. Está constituida por el Rector, los Vicerrectores, el Administrador General, el Gerente y el Secretario General.
Gran Canciller
Excmo. y Revmo. Mons. Javier Echevarría
Vicecanciller
Excmo. y Revmo. Mons. Ramón Herrando
Rector Magnífico
Excmo. Sr. D. Ángel José Gómez Montoro
Vicerrectores
Excma. Sra. D.ª Concepción Naval (Profesorado)
Excma. Sra. D.ª María Iraburu (Alumnos y extensión universitaria)
Excmo. Sr. D. Alfonso Sánchez-Tabernero (Relaciones internacionalesl)
Excmo. Sr. D. Borja López-Jurado (Ordenación académica e innovación educativa)
Excmo. Sr. D. Juan Manuel Mora (Comunicación institucional)
Excmo. Sr. D. Luis Montuenga (Investigación)
Secretario General
Ilmo. Sr. D. Gonzalo Robles
Administrador General
Ilmo. Sr. D.
Igor Errasti
Gerente
Ilmo. Sr. D. José Manuel Zumaquero